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本案的争议焦点之一为，案涉侵权赔偿数额如何计算，具体包括认定侵权方用于实际制种的地块面积和确定单位面积的损害赔偿数额。

1.关于昌吉州西某种子公司的实际制种面积。专案涉地块所在地的种子站备案的《玉米种子生产合同》以及《2022年玉米种子合法生产收购承诺书》与河北华某种业公司现场取样的相关事实相互印证，且上述生产合同明确昌吉州西某种子公司于2022年3月委托王某军制种的品种仅有一个，这一事实也与王某军在另案中接受法院询问时的陈述一致。该生产合同显示的备案制种面积为1000亩，而王某军在另案中接受法院询问时称，其在2022年受托制种的面积为890亩。河北华某种业公司在本案中主张按照其公证取证时测量的882.63亩计算，该面积并未超出前述合同显示的备案制种面积和王某军陈述的受托制种面积，应当予以支持。

2.关于侵害杂交种亲本技术秘密的单位面积损害赔偿数额。在侵害杂交种亲本技术秘密纠纷案件中，由于杂交种亲本一般不在市场上销售，故而缺少可直接参照的市场价格，难以通过其销售价格来计算实际损失或者因侵权所获得的利益。在此情况下，要计算侵权人因侵害杂交种亲本技术秘密应当承担的具体赔偿数额，可以考虑该亲本的育种成本、特征特性等竞争优势及其可替代性、对育成的杂交种市场获益的贡献率等因素综合确定。第一，关于杂交种亲本的特征特性等竞争优势。在杂交过程中，亲本的性状会在杂交种中进行组合，父、母本的特定性状在很大程度上决定了杂交种的特征特性，其适应性也会传递给杂交种。对于具 有高产、优质等优良特性的杂交种而言，父本的配合力以及基因组成、遗传稳定性对杂交种具有重要影响。本案中，“W68”具有突出的优良性状，以其作为父本与“W67”作为母本组配而来的杂交种“万糯2000”突出的优良性状也体现了“W68”的竞争优势。第二，关于育成杂交种的市场获益。杂交种“万糯2000”平均亩产约275公斤，单位利润达19.87元/公斤。昌吉州西某种子公司不认可上述证据，但又不提交其实际生产品种的销售利润的有关证据，因此，在计算赔偿的具体数额时，可以在“ W68”对杂交种“万糯2000”利润贡献率的基础上进行综合衡量判定。河北华某种业公司主张按照“万糯2000”的利润计算其实际损失或者被诉侵权人的侵权获利，具有一定的合理性。第三，关于“W68”对于杂交种利润的贡献率。根据查明的事实，种子行业在品种经营权交易时关于玉米育种成果收益分配的相关惯例为：父本所有者、母本所有者以及品种育成人的收益分配比例定为3：3：4。作为行业惯例，上述收益分配比例不违反法律法规的强制性规定，在案涉玉米亲本侵权纠纷中确定侵权损害赔偿时可以作为参考。鉴于在侵权案件中，被诉侵权人并非通过合法、正常的交易协商途径获得受保护品种的使用权，因此，在参考上述惯例确定收益分配比例时，可考虑侵权情节适当提高被侵权人的收益比例。结合本案被诉侵权种植面积较大等实际情况，酌定“W68”的贡献率为杂交种“万糯2000”利润的40%。据此计算，昌吉州西某种子公司应赔偿河北华某种业公司经济损失1929164.39元（19.87元/公斤×275公斤/亩×882.63亩×40%）。对于河北华某种业公司为制止侵权行为所支付的合理开支，酌定支持50000元。